内蒙古自治区林业厅为自治区人民政府组成部门,内设机构：办公室、人事处、机关党委、离退休人员工作处、计划统计处、财务审计处、治沙造林处、森林资源林政管理处、林业产业处、农村林业改革发展处、防火指挥部办公室、科技处、森林公安局；所属行政机构:大兴安岭森林公安局；派驻机构：自治区纪委（监察厅）驻林业厅纪检组（纪检监察室）。

直属事业单位：内蒙古林业科学研究院、大青山国家级自然保护区管理局、内蒙古林业监测规划院、内蒙古第二林业监测规划院、三北防护林工作站、森林病虫害防治检疫站、林木种苗站、国有林场和森林公园管理局、野生动植物保护中心、天然林资源保护管理局、退耕还林和外援项目管理中心、林业灾害应急办、绿化工作站、林业信息中心、森林资源资产评估管理中心、机关事务服务中心、森林资源监督专员办事处。